这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
羽鸟智世（种崎敦美 配音）表面看来只是一个略微冷淡的平凡少女，实际上却隐藏着可怜的身世。年幼时，智世的母亲自杀，父亲离家出走，无处可去的他在十五岁那一年成为了商品被地下拍卖会组织卖给了名为艾利亚斯（竹内良太 配音）的魔法使。其实，智世拥有着夜之宠儿的特殊体质，能够在无意识之中吸收外界所散发的魔力，是十分稀有的物种。智世成为了艾利亚斯的助手，利用自己的超能力帮助艾利亚斯解决教会委托的任务。在此过程中，艾利亚斯的温柔和体贴不断的治愈着智世的内心，智世也渐渐学会了使用自己的能力去将周遭的世界改变的更加美好。
因为喜欢上了完美的风纪委员学姐水鸟亚鸟，本性是好孩子的优谷优故意打扮成了不良少女的模样。然而，天生不会装不良的优被亚鸟当成了可爱的小狗。
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过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。
这里是某中学的理科室————。科学部部长上野，是恋慕着部内学弟田中的恋爱少女。她使用天才过头的异想天开发明品，采取各种手段试图吸引田中的注意。一年级的部员山下也以沉着冷静的辅助来支援上野！上野的恋情究竟能否成功！？
无比可爱的少女型兵器“阿尔玛”与将她制造出来的两位天才科学家带来的家庭情景喜剧！！少女型兵器阿尔玛直率的提问和分析把天才科学家们逗得团团转！？
