故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
「我」曾一时攀上超热门在线游戏「艾克斯之门ＯＮＬＩＮＥ」的巅峰。在完成某次重大故事后的隔天，想登入游戏时，突然收到「赋予你全新使命」的提示讯息。当我按下「ＹＥＳ」的瞬间，世界被反转了──醒来后，映入「我」眼帘的是──！？
《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
